生态厕所的功能归纳起来有以下几点
（1）粪污无害化
粪尿中含有大量的有机物、恶臭及致病微生物，通过环境工程等手段，使这些污染物得到妥善处理，最终将粪污无害化，在达到环境许可的条件后，排入周围环境，不对环境造成破坏。
（2）粪污资源化
粪污中含有大量的有机物和丰富的N、P、K等肥效成份。通过特殊的处理回收手段，在粪尿无害化的同时，回收其中有效成份是目前制肥是主要利用手段之一。另一个重要方面是回收粪尿中的水份。粪尿中70％以上是水份，通过处理，可以使这些污水达到很高的水质标准，甚至可以供人饮用。
（3）厕所的移动性和普遍适用性
生态厕所不仅可以建成固定式的结构。另外由于其配套处理设施小巧，对外界的依赖除电力外，几乎没有，因此具有可移动的特点，是移动型和临时性厕所的首选。生态厕所在使用功能上与传统厕所相同，增加的净化单元不仅可以与新型厕所组成一个有机整体，而且可以用在现有厕所的改造和更新上净化处理单元与现有厕所可以很方便地结合起来，实现现有厕所的升级换代。
